sed -e 's/chr//g' kpgp.vcf > kpgpA1.vcf
sed -e 's/\//|/g' kpgpA1.vcf > kpgpA2.vcf
sed -e 's/GT:GQ:PL/GT:DS:GL/g' kpgpA2.vcf > kpgpA3.vcf
sed -e 's/2|/1|/g' kpgpA3.vcf > kpgpA4.vcf
sed -e 's/|2/|1/g' kpgpA4.vcf > kpgpA5.vcf
sed -e 's/3|/1|/g' kpgpA5.vcf > kpgpA6.vcf
sed -e 's/|3/|1/g' kpgpA6.vcf > kpgpA7.vcf
sed -e 's/\t\./\t0|0:0:0,0,0/g' kpgpA7.vcf > kpgpB.vcf